İnsanların binlerce yıl boyuncu yerleşik olarak yaşadıkları Bodrum, inanılmayacak kadar zengin bir geçmişe sahiptir. Birçok büyük uygarlığın ve tarihi olayların içinde veya yakınlarında oluşmuş olması, Halikarnas'ı (Bodrum'un eski adı) tarihçiler için önemli bir yer konumuna getirmiştir. Bodrum hakkındaki tüm bilgilerin tek bir kaynaktan elde edilmesi olanaksız gibidir; bu nedenle aşağıdaki bilgiler birçok kaynaktan derlenmiştir.

Tarihçiler, Harikarnas'ın temellerinin nereye dayandığı hakkında çok az bilgiye sahiptirler. Halikarnas hakkındaki ilk bilgiler M.Ö. 7.y.y.'a dayanır. Halikarnas, Heksapolis-Dor Konfederasyonu'na bağlı altı üyeden biriydi. Ayrıca karada Knidos şehri, Kos adası ve Rodos üzerindeki üç şehir de bu üyeler arasındaydı.

Rivayete göre, güzellik Tanrıçası Afrodit'in delikanlılık çağındaki oğlu bir gün çeşmeden akan suyun oluşturduğu bir gölde yüzer. Gölün perisi Salmakis, ona aşık olur ve tanrılara tek bir vücutta yaşayabilmeleri için yalvarır. Dileği kabul edilir; tanrılar da yarı erkek, yarı kadından oluşan Hermafrodit'i yaratırlar.

Apollo'nun onuruna her yıl düzenlenen Tropium'daki oyunlara altı şehir de katılır. Bir yıl, Agasides adındaki bir Halikarnaslı bronz madalyayı kazandığında, törelere uyup, ödülü Apollo'ya adamak yerine, evindeki duvara asınca, diğer Dor şehirlerini öfkelendirmiş ve Halikarnas'la ilişkilerini kesmeleri için onlara yeterli nedeni sağlamış oldu.

M.Ö. 5'ci y.y.'da Halikarnas tamamiyle bir İyon şehri görünümündeydi. Herodot ve amcası Panyasis o sıralarda eserlerini İyonca'da yazmışlar, bu döneme ait hiç bir eserde de Dor lehçesinin izine rastlanmamıştır.

M.Ö. 546'da Persler (İranlılar) kıyıdaki Yunan şehirlerini işgal etmişler, Halikarnas da diğer şehirlerle birlikte düşmüştür. Pers yönetiminde birçok hanedan, şehri yönetimiştir. Bunların en ünlüsü de M.Ö. 480'de yönetime geçen I.Artemis'tir.

Artemis'in oğlu Pisindalis, onun ardından başa gelmiş ve Halikarnas'ın (Kos ve başka şehirler de olmak üzere) yönetimini sürdürmüştür. Tarihçiler Pisindalis dönemi hakkında pek yorum yapmazken, oğlu II. Lidamis için acımasız, zalim ve baskıcı sıfatlarını kullanmaktan kaçınmamışlardır. Herodot, II. Lidanis'in otoritesi ve zulmü karşısında dayanamayarak anayurdunu bırakıp, Samos adasına gitmiştir. 1856'da arkeolog Sir Charles Newton,

II. Lidanis'in kendi politikasına uymayan görüşlere karşı olduğu olumsuz tavrı açıkça ortaya koyan bir kanun belgesi bulmuştur. II. Lidanis'in ardından kimin yönetime geldiği, ya da zulmünün neden ve nasıl sona erdiği hakkında hiç bir bilgiye sahip olmamakla beraber, bölgede M.Ö. 4 ci y.y.'da büyük bir değişimin yaşandığını söyleyebiliriz.

Bir önceki yüzyılda, Pers yönetimi bölgeden atıldıktan kısa bir süre sonra, Atina ile Persler arasında imzalanan "Kral Barışı" antlaşmasıyla, Asya'daki şehirlerin yönetimi tekrar Perslerin idaresine geçmiştir. Persler bölgeyi küçük prensliklere bölmüş ve M.Ö. 377'lerde Kral Mozulus, Karya ve Halikarnas valisi olarak bölgeyi yönetmiştir.

Mozolus'un projelerinden biri de, klasik çağdaki Bodrum'dan günümüze ulaşabilen tek yapı olan Antik Tiyatro'dur. Bodrum'un ortasındaki Göktepe dağının güney eteklerindeki bu tiyatro, Anadolu'nun en eski tiyatrolarından biridir. 1960'larda bir grup Türk tarafından restore edilen bu tiyatro, günümüzde de Bodrum'daki bir çok festivale sahne olmaktadır.

Mezarlarda görülen sembollerden biri de küçük "gözyaşı kapları" dır. Bu yüksük büyüklüğündeki kaplar yas tutanların gözyaşlarıyla doldurularak, ölüyle birlikte gömülürdü. Bir kişinin önemi arttıkça, "gözyaşı kapları"nın sayısı da artardı. Mozolus M.Ö. 353'te ölünce kızkardeş-karısı Artemis II başa geçti.

Artemis II yalnızca onüç yıl tahtta kaldı, fakat iki önemli iş yaptı; biri, tarihsel çağların yedi harikasından biri olan Kral Mozolus'un mezarının inşaatını sürdürmekti ("mozole" sözcüğü buradan alınmıştır), diğeri de, I. Artemis'in zekası ile rekabet edebilecek düzeyde yaptığı bir savaştı.

Pilini ve diğer tarih yazarları mozolenin gerçek bir harika olarak korunması konusunda fikir birliğindeydiler. Deniz üserindeki oldukça uzak bir noktadan bakıldığında, 20 katlı bir bina kadar yüksek görülüyordu. Bugün bu yeri görmeye gelen ziyaretçiler, ondaki görkemi ancak hayal edebilmektedirler. Mozole 1500 yıl boyunca ayakta kalabilmişse de, bir zelzele sonunda harabeye dönmüştür. Daha sonra Aziz Jhon'un Şövalyeleri buraya gelerek, harabedeki kalıntıları, kendileri için inşa ettikleri kalenin duvarlarının yapımında kullanmışlardır.

Bu mozolenin genel olarak kabul edilmiş bulunan görünümü şöyledir: Boyu eninden uzun, dört bölümden oluşmuş halde ve sağlam bir taban üzerinde sıra halinde dizili 36 kolonluk bir salon ve sonra 24 basamaklı ve basamakların en üstünde, Mozolus ve Artemis'in heykelleri de bulunan ve dört atın çektiği bir arabanın olduğu bir piramit. Duvarların dört bir yanı zamanın en büyük ustalarının freskleriyle bezenmişti ve mozolenin bu derece muhteşem bir yapıt olmasının nedeni de bu duvar freskleriydi. Bunların bazı parçaları İngiltere'deki Castle Müzesi içinde bulunan Britanya Müzesi'ne (British Museum) taşınmıştır; ancak bazı sütun ayakları ve bloklar da yerinde görülebilmektedirler (bunların pek çoğu da kalenin duvarlarındadır).

Büyük İskender büyük bir hızla Anadolu'yu talan etmeye başladı ve bir süre sonra M.Ö. 334'de Halikarnas'a gelerek Karya Prensliği'nin kralicesi Orontabatis'e ulaştı. Bu şehir, Persler için, İskender'e Ege'de karşı çıkabilecekleri son fırsattı. Böylece Orontabatis, Yunanlı paralı askerlerden büyük bir Pers ordusu kurdu. Tarihçilerden Diodius ve Aryan'a göre, her iki taraf da olağanüstü gayretlerle savaştı. Bu arada Halikarnaslılar da, İskender'I oldukça kızdıran bir direnişi inatla sürdürdüler. İskender de askerleriyle şehrin surlarından içeri girdi ve kendisine engel olan direnişçilere ceza olarak, her şeyin yığınlar halinde yakılmasını emretti (fakat yerli halka dokunmadı).